El Gran Maestre y el Soberano Consejo de la Orden de Malta han querido depurar a Don Juan Antonio de Ybarra e Ybarra, Gran Cruz de Honor y Devoción en Obediencia, mediante la publicación de dos decretos nulos de expulsión por las denuncias que formuló ante la Santa Sede contra las ilegalidades que se vienen cometiendo en el seno de la Orden, por la pérdida de su carisma y por la falta de capacidad de sus jerarquías.

Es falso de toda falsedad que Don Juan Antonio de Ybarra e Ybarra no pertenezca ya a la Orden de Malta,  pues se encuentran sub iudice los recursos presentados por él ante las jerarquías competentes de la Santa Sede, que deberán resolver con arreglo al Derecho Canónico por tratarse de un miembro de una orden religiosa, según establece la Sentencia de 24 de enero de 1953 del Tribunal Cardenalicio, creado por Quirógrafo de Su Santidad el Papa Pío XII el 10 de diciembre de 1951.

Esta Sentencia Cardenalicia de 1953, investida de toda autoridad pontificia, fue definitiva y no susceptible de apelación o de otras ordenanzas. Determinó sobre las cualidades de la Orden de Malta como "orden soberana" y como "orden religiosa" y sobre la dependencia de todos sus miembros de la Santa Sede. Esta norma fundamental, que regula las relaciones de la Orden de Malta con la Santa Sede, se encuentra plenamente en vigor.

Los recursos interpuestos ante la Santa Sede desde 2006 contra los decretos nulos de expulsión, no se harán públicos hasta la resolución final de este contencioso con las jerarquías de la Orden de Malta. Madrid, junio de 2007.

Vigencia del Quirógrafo del Papa Pío XII <<Il Sovrano Militare Ordine>> de 10 de diciembre de 1951 y de la Sentencia Cardenalicia de 24 de enero de 1953, en el ordenamiento Constitucional de la Orden de Malta. (Argumentos expuestos por Don Juan Antonio de Ybarra e Ybarra ante el Tribunal Supremo de la Signatura Apostólica de la Santa Sede. Madrid, 29 de octubre de 2007.)

Carta del Cardenal Don Eduardo Martínez Somalo, Prefecto de la Congregación para los Institutos de vida consagrada y las Sociedades de vida apostólica, a Don Juan Antonio de Ybarra e Ybarra. Roma, de 24 de julio de 1993. (En contestación a la enviada el 31 de mayo de 1993, anunciando las reformas que se iban a introducir en la Carta Constitucional de la Orden de Malta, promulgada en 1961.) El 7 de noviembre de 1997, el Cardenal Martínez Somalo, en su calidad de Prefecto de la Congregación IVC y SVA, sancionó los textos que modificaban sustancialmente la Carta Constitucional de 1961.

Ídem per Ídem

Don Julio Prado y Colón de Carvajal, conde de la Conquista, Gran Cruz de Honor y Devoción, también ha sido depurado por su defensa de la legalidad y del carisma  de la Orden de Malta. Las jerarquías de la Orden decretaron ilegalmente su expulsión por considerarle irónico e irritante. El conde de la Conquista había formulado una protesta por la ausencia del Gran Maestre en los funerales de Estado por las víctimas de la masacre terrorista de Atocha del 11 de marzo de 2004. Madrid, diciembre de 2007.